Acquisition de congés payés pendant un arrêt maladie : ce que vous devez savoir

Mise à jour le 11 juillet 2025
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Lorsqu'un salarié est en arrêt maladie, une question fréquente se pose : continue-t-il à accumuler des congés payés durant cette période d'absence ? La réponse à cette interrogation dépend de plusieurs facteurs.

En France, le système des congés payés repose sur un principe simple : chaque salarié acquiert 2,5 jours ouvrables de congés par mois de travail effectif.

La période d'acquisition des congés payés s'étend traditionnellement du 1er juin au 31 mai de l'année suivante. Pendant cette période, le salarié cumule ses droits pour pouvoir les utiliser ultérieurement. 

Un arrêt maladie est un dispositif prévu par la loi pour permettre à un salarié de s'arrêter temporairement de travailler lorsqu'il est confronté à des problèmes de santé. Cet arrêt est prescrit par un médecin et permet au salarié de se soigner et de se reposer pour guérir de sa maladie, qu'elle soit courte ou longue. Dans ce contexte, le salarié peut bénéficier d’indemnités journalières versées par la Sécurité sociale qui peuvent être complétées par une complémentaire santé afin de compenser une partie de la perte de salaire.

Il existe différents types d'arrêt maladie :

  • l'arrêt maladie court
  • l'arrêt maladie long (plus de 6 mois)
  • le congé maladie de longue durée (jusqu’à 3 ans d’arrêt)
La législation française s'est adaptée pour mieux protéger les salariés en arrêt maladie. Désormais, les périodes d'arrêt maladie, qu'elles soient d'origine professionnelle ou non, permettent l'acquisition de congés payés depuis la loi n°2024-364 du 22 avril 2024.

Avant la loi du 22 avril 2024 entrée en vigueur le 24 avril 2024, les salariés en arrêt de travail pour des raisons non professionnelles ne bénéficiaient pas de l’accumulation de jours de congés payés pendant leur période d’arrêt.

Depuis cette date, un nouveau droit est accordé aux salariés en arrêt pour maladie ordinaire (accident ou maladie sans lien avec le travail). Ces derniers peuvent désormais cumuler des congés payés pendant leur arrêt, dans la limite de 2 jours ouvrables par mois d’arrêt, soit un maximum de 24 jours ouvrables par an. Ce calcul s’effectue durant la période d’acquisition des congés, appelée période de référence.

Les jours de congés payés ainsi acquis doivent être pris durant la période dédiée, appelée période de prise des congés. Cette période est définie :

  • par une convention collective ou un accord d’entreprise lorsqu’ils existent
  • ou, en l’absence de tels textes, par l’employeur, après consultation du comité social et économique (CSE), s’il est présent dans l’entreprise

Quelle que soit la manière dont elle est déterminée, la période de prise des congés payés doit impérativement inclure les dates comprises entre le 1er mai et le 31 octobre de l’année en cours

Avant le 24 avril 2024, les arrêts de travail d'origine professionnelle (accident de travail ou maladie professionnelle) permettaient aux salariés d'acquérir des congés payés, mais cette acquisition était limitée à un an.

Depuis cette date, les périodes d'absence dues à un accident de travail ou à une maladie professionnelle sont maintenant considérées comme du temps de travail effectif, donnant ainsi droit aux congés payés sans limite de durée d'absence.

Pour chaque mois d'arrêt pour cause d'accident de travail ou de maladie professionnelle, le salarié peut acquérir 2,5 jours ouvrables de congés payés (ce qui équivaut à 30 jours par période de référence). La période de référence, pour le calcul des droits aux congés payés, commence chaque année le 1er juin.

La rémunération est prise en compte à 100% pour le calcul des congés payés. Les droits sont intégralement maintenus, ce qui traduit une protection renforcée en cas d'accident du travail ou de maladie professionnelle.

L'indemnité de congés payés est calculée sans tenir compte du type de maladie (non professionnelle ou professionnelle) et selon deux méthodes :

  • la règle du dixième : le salarié perçoit 1/10e de sa rémunération brute totale perçue pendant la période de référence, en tenant compte que pendant l'arrêt maladie, son salaire est maintenu à hauteur de 80% pour les maladies non professionnelle et 100% pour les maladies professionnelles
  • la règle du maintien de salaire : le salarié perçoit la même rémunération que si il avait travaillé

L'employeur doit appliquer la méthode la plus avantageuse pour le salarié. Un calcul comparatif est donc effectué systématiquement.

Les congés payés non pris en raison d'un arrêt maladie bénéficient généralement d'un délai de report de 15 mois. Ce délai commence à courir :

  • à la fin de la période de référence si vous étiez en arrêt pendant cette période
  • à la date de reprise du travail si votre arrêt chevauche deux périodes de référence

Il est important de noter que ce délai de 15 mois constitue une garantie minimale selon la convention collective de l'entreprise.

Lorsqu'un salarié est absent pendant toute la période d'acquisition des congés (du 1er juin au 31 mai), des règles spécifiques s'appliquent :

  • le délai de report de 15 mois démarre à la fin de la période de référence
  • si le salarié ne reprend pas le travail avant la fin du report, les congés sont perdus

En cas de reprise du salarié en cours de période, un calcul au prorata sera effectué en tenant compte :

  • des périodes travaillées
  • des périodes d'arrêt maladie
  • de la nature de l'arrêt (professionnel ou non)

Pour les salariés ayant plusieurs arrêts successifs :

  • chaque période d'arrêt génère ses propres droits
  • le calcul se fait mois par mois
  • le plafond de 24 jours par an s'applique pour les arrêts non professionnels

En cas de fin du contrat de travail avant la prise des congés :

  • une indemnité compensatrice doit être versée
  • un délai de prescription de 3 ans s'applique pour les demandes d'indemnisation
  • la compensation financière est limitée à 3 ans avant la rupture du contrat

Les salariés en temps partiel thérapeutique :

  • continuent d'acquérir des congés payés
  • l'acquisition se fait au prorata du temps de travail effectif
  • le calcul de l'indemnité tient compte du salaire à 80%

L'employeur est tenu d'informer le salarié de ses droits à congés dans le mois suivant la reprise du travail.

Cette information doit préciser :

  • le nombre de jours de congés acquis
  • les modalités de prise de ces congés
  • la période durant laquelle ces congés peuvent être pris

L'employeur doit également remettre au salarié un document écrit récapitulant les droits et les délais pour les exercer.

Le salarié dispose de plusieurs garanties :

  • le droit de réclamer ses congés non pris dans un délai de 3 ans
  • la possibilité de contester le décompte de ses droits auprès de son employeur
  • le droit de saisir le conseil de prud'hommes en cas de litige
Un arrêt maladie ne peut pas annuler les congés payés déjà acquis par le salarié. Les congés payés restent dus au salarié, même s'il est en arrêt maladie. Si un arrêt survient pendant la période de prise des congés, le salarié a le droit de reporter ces jours de congés à une date ultérieure, généralement à la reprise de son travail.
Depuis la loi du 24 avril 2024, les salariés en arrêt maladie d’origine professionnelle ou non, cumulent des congés payés. Dans le cas d’une maladie non professionnelle, le cumul est limité à 2 jours ouvrables par mois d’arrêt. Pour un arrêt lié à un accident de travail ou à une maladie professionnelle, le cumul est de 2,5 jours par mois sans limite de durée.
Si un salarié tombe malade pendant ses semaines de congés payés, il peut faire une demande pour que ses jours de congés soient requalifiés en arrêt maladie, à condition de fournir un certificat médical. Dans ce cas, les jours de congé non pris pourront être reportés à une période ultérieure selon les règles de l'entreprise ou la convention collective applicable.
Non, sauf en cas de rupture de contrat, les congés payés non pris en raison d’un arrêt maladie ne peuvent généralement pas être convertis en compensation financière. Ils peuvent être reportés sur une période de 15 mois après la fin de l'arrêt, mais en l'absence de prise, ils ne sont pas indemnisés. En revanche, lors d’une fin de contrat, une indemnité compensatrice pour les congés non pris est versée.